Первые дипломатические контакты Суверенным Мальтийским орденом и России относят к концу XVII века. В 1698 году по поручению Петра I на Мальту прибыло посольство во главе с Б. П. Шереметевым, впоследствии ставшим первым русским Кавалером Большого креста Мальтийского Ордена. Вплоть до правления Екатерины II отношения Ордена и России оставались на уровне поздравительных нот по случаю знаковых событий государства.

Сближение России с Мальтийским Орденом произошло при Екатерине II, что объяснялось желанием иметь в лице Ордена союзника в борьбе с Османской империей и укрепить свои позиции на Средиземном море. Екатерина II в 1764 г. поручила князю Д.А. Голицыну пригласить в Россию мальтийских рыцарей, «сведущих в строительстве и управлении галерами», некоторые из которых, включая графа Мазена, поступили на службу в русский военно-морской флот.

Особая страница в истории отношений России и Мальтийского ордена связана с царствованием Павла I. После Великой Французской революции Орден находился в трудной ситуации, потеряв значительные территории и доходы. Рыцари получили значительную поддержку от российского самодержца. В 1797 году было создано Великое приорство Российское (католическое). Император Павел I был провозглашен протектором Ордена.

После захвата Мальты Наполеоном в 1798 году госпитальеры были вынуждены покинуть остров. Находившиеся в то время в России рыцари объявили о низложении Великого Магистра Фердинанда фон Гомпеша, сдавшего остров без боя, и провозгласили новым Великим Магистром Павла I. Это был уникальный в истории католического Ордена случай, когда во главе его встал православный император. В Россию привезли главные святыни Мальтийского ордена, которые до 1917 года хранились в Большом соборе Зимнего дворца.

После дворцового переворота 11 марта 1801 года вступивший на престол Александр I объявил себя лишь протектором Ордена. В 1817 году Великие приорства на территории России упразднили, а российским подданным запретили носить мальтийские кресты.

Память о Мальтийском ордене сохранилась в русской геральдике. Изображение мальтийского креста широко использовалось в символике полковых нагрудных знаков и знаков военно-учебных заведений, в большинстве случаев указывая на время их основания в период правления Павла I.

Российская Федерация и Суверенный Мальтийский Орден восстановили официальные отношения на уровне Представительств 21 октября 1992 г. В этом же году в Москве, Санкт-Петербурге, Смоленске, Калининграде и Дубне начали работать службы социальной помощи Ордена, которые поставляют гуманитарную помощь, распространяемую среди нуждающихся через добровольцев.

Одно из важных направлений двустороннего сотрудничества –предотвращение последствий природных и техногенных катастроф и предупреждение чрезвычайных ситуаций. В ноябре 2010 г. был подписан Меморандум о взаимопонимании между МЧС России и Ассоциацией Итальянских Рыцарей СМО.

В июне 2012 г. и сентябре 2013 г. в Риме состоялись встречи председателя КМС Совета Федерации и специального представителя Президента России по Африке М.В. Маргелова с Великим Канцлером СМО при участии экспертов Ордена по африканским проблемам.

В связи с 20-летием восстановления официальных отношений между Российской Федерацией и Суверенным Мальтийским Орденом 5 июля 2012 г. в музеях Московского Кремля состоялось торжественное открытие выставки «Сокровища Мальтийского Ордена: девять веков на службе веры и милосердия», для участия в котором в Москву прибыла делегация СМО во главе (впервые в истории отношений) с Великим Магистром М. Фестингом.

В сентябре 2015 г. М. Фестинг по приглашению С.В. Лаврова посетил Санкт-Петербург с официальным визитом для участия в открытии выставки «Портреты россиян-кавалеров Суверенного Мальтийского Ордена» в Эрмитаже. По инициативе Великого Магистра состоялась его встреча с Губернатором Санкт-Петербурга Г.С. Полтавченко. В ходе поездки М. Фестинг посетил также объекты «Мальтийской службы помощи» в Санкт-Петербурге и передал в дар храмам города частицы мощей двух христианских святых – Св. Иоанна Предтечи и Св. Николая Чудотворца.

С целью обеспечения поддержки и содействия развитию гуманитарной деятельности Ордена в России Орден учредил должность Почётного консула в Санкт-Петербурге с назначением на неё российского предпринимателя М.Э. Куснировича.

В октябре 2017 г. по случаю 25-летия восстановления официальных отношений между Россией и Орденом, С.В. Лавров и Великий Канцлер Суверенного Мальтийского Ордена А. фон Безелагер обменялись поздравительными посланиями, в которых с обеих сторон отмечался плодотворный характер двустороннего сотрудничества, отражающего позитивную преемственность в многовековых отношениях России и Ордена. К юбилейной дате была также приурочена выставка «Русская икона: молитва и милосердие» (Рим, Палаццо Браски, 2017 г.), представившая публике около 40 работ иконописцев 17-18 вв. из Музея русской иконы и Центрального музея древнерусской культуры и искусства им. Андрея Рублева.

В декабре 2017 г. Москву с рабочим визитом посетил Великий госпитальер Суверенного Мальтийского Ордена Д. де Ла Рошфуко.

18 июня в Особняке МИД России с участием Министра иностранных дел Российской Федерации С.В. Лаврова и Великого госпитальера СМО, Доминика де Ла Рошфуко, состоялась презентация совместного сборника дипломатических документов «Россия и Мальтийский Орден. 1697-1817».

22 ноября 2019 года в полномочия Представителя Суверенного Мальтийского Ордена в РФ вступил г-на Аймоне ди Савойя Аоста, вручив копии Верительных грамот заместителю Министра иностранных дел РФ, г-ну Александру Грушко. 24 ноября 2020 года, Е.П. ди Савойя Аоста вручил верительные грамоты Президенту Российской Федерации, Е.П. Владимиру Путину на церемонии, состоявшейся в Александровском зале Большого Кремлевского Дворца.